Dans le cadre de la loi de décentralisation du 13 août 2004, l'Etat a transféré aux collectivités territoriales la propriété, l'aménagement, l'entretien et la gestion de 150 aérodromes. Seuls les aéroports de Lyon, Marseille, Nice, Bordeaux, Toulouse, Strasbourg et Montpellier sont encore la propriété de l'Etat, tandis que les aéroports d’Orly et de Charles-de-Gaulle à Paris appartiennent à la société anonyme Aéroports de Paris, détenue majoritairement par l’Etat.
En Auvergne, ce transfert de propriété s'est effectué le 1er janvier 2007 au profit d'un syndicat mixte créé à l'initiative du Conseil régional d’Auvergne, en partenariat avec le Département du Puy de Dôme et la Communauté d'Agglomération de Clermont Ferrand. Ce syndicat mixte, le SMACFA (syndicat mixte de l'aéroport de Clermont Ferrand Auvergne) est financé selon la clé de répartition suivante : le Conseil régional y contribue à hauteur de 40%, le Conseil général du Puy-de-Dôme à 32%, et Clermont Communauté à 28%.
Depuis le 1er janvier 2008, le SMACFA délègue la gestion de l'exploitation de l'aéroport à la SEACFA (société d’exploitation de l’aéroport de Clermont-Fd Auvergne), une société détenue à 99% par le groupe Vinci et à 1% par le groupe Keolis. Ce contrat de délégation de service public, courant jusqu'au 31 décembre 2014 (auparavant la chambre de commerce était l'exploitant de la plateforme), est de type affermage, le Syndicat ayant à sa charge les opérations d’investissement utiles au développement des activités de l’aéroport et au gros entretien.
Le budget 2013 du SMACFA s’élève à 6,5 M€ répartis grosso modo en 2,5 M€ de dépenses de fonctionnement et en 4 M€ de dépenses d’investissement.