Journaliste de profession, Jacques Boutault crée en 1996, avec Jean-Paul Maurel, l'association "Bien vivre dans le 2e arrondissement", qui regroupe des habitants attachés à améliorer la qualité de vie de leur quartier en matière de transport, de logement et d'éducation. En 2001 il est élu maire du 2e arrondissement de Paris, seul maire écologiste de la capitale. Il est réélu en 2008 avec plus de 68% des suffrages. Sa politique est portée par trois idées forces :
- Développer la solidarité.
- Améliorer la qualité de vie.
- Favoriser la démocratie.

De 2001 à 2014, le 2e arrondissement voit son nombre de places en crèches augmenter, sa part de logements sociaux multipliée par 4. Le bio fait son apparition dans les cantines du 2e jusqu'à représenter 83% des produits qui y sont proposés, et le jeudi est désormais végétarien. L'arrondissement se verdit avec notamment 100 arbres en plus, et la mairie propose une offre culturelle et sportive gratuite pour permettre à toutes et tous d'y participer.
Membre des Verts depuis 1997, il intègre en 2013 la direction d'Europe-Écologie - Les Verts où il est en charge des relations avec les acteurs associatifs et le réseau coopératif.